何度かの Windows Update を経て、WIndows10における98配列キーボードの動作も改善されているようです。現状では「レジストリを手で修正する必要がある」ものの、修正後は問題なく利用できています
当サイトへのコメントとこちらの情報を参考にさせていただきました(感謝!
Windows10 October 2018 Update で PC-98配列キーボード
https://sk070.hatenablog.com/entry/2018/10/08/210255
レジストリの HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\i8042prt\Parameters にある LayerDriver JPN を
kbd106.dll → kbdnec.dll
に変更して、OSを再起動させるか一度サインアウトしてサインインしなおせば98配列キーボードとして認識されました。EDGEでの入力も問題ありません。また、以前見受けられた「USBポートを差し替えるとまた106/109日本語キーボードの認識に戻る」問題も発生しませんでした。
ただしこの変更(レジストリの修正)を行った後、再び106/109日本語キーボードに差し替えても98配列の認識が残るようです。まあ、その場合は再びレジストリを修正すれば良いだけですが。
上記は Windows10 Pro バージョン 1909 (November 2019 Update) で確認しました。