動きがぎこちない原因が判明したので修正したファームを作成しました。すみませんが前のVerをDLしちゃった方はこちらを書き込んでみて下さい。
ps2ms_x68.20171213.zip
Inside X68000によるとMSCTRLが変化してから800usくらい間をおいてマウス信号を68に送れ、としか書いてないのですが、実際にはMSCTRLが変化してから???us以内に送信を完了しろ（あるいは変化後???us以内に送信を開始しろ。のどちらか）といった条件もあるような気がします。
MSCTRLが変化してから800～1000us以内に68に向けて送信を開始するようにタイミングを修正することでぎこちなさは解消しました。なお、修正後はMSCTRLはおおむね20ms周期で変化しています。修正前は60～70ms周期でMSCTRLが変化していました。そりゃぎこちない動きになる罠。
2019-07-06 追記
PS/2 & USB compatibleマウスにおいて正常に動作しない問題に暫定対応しました。機能面では全く変更はありませんので、現状で問題なく動いている場合はファームを更新する必要はありません。
CompatibleマウスについてはMicrosoftのMSK-1113(B) Basic optical mouse v2.0でのみ確認しています(Amazonで一番安かったのがこれなので)。もしこれでも正常に動作しないマウスがありましたら、コメントでマウスの型番を教えて頂けますと幸いです。