出来ました
と言いたい所なんですが、VUSBに繋ぐ0.22μFのコンデンサがストック切れてた・・・ とりあえず0.1μFを付けておいたけど、推奨は0.22～0.47μFなので後日付けなおす予定。
キーマップのカスタマイズ機能かー。折角のUSB接続なんだし、定義ファイル（キーマップをカスタマイズしたEEPROMのHEXファイルとか）をUSBから流し込めるようにした方がいいのかな。HID BootloaderとWin側の更新プログラムの両方修正が必要になるけど。
EEPROMだけピンポイントに更新出来るようにして、キーマップ情報をEEPROMに流し込むほうが楽かも。